Ακολουθούν μερικές συγκεκριμένες τοποθεσίες όπου βρίσκονται συνήθως οι καρχαρίες φαλαινών:
* Ο Κόλπος του Μεξικού: Ιδιαίτερα γύρω από τη χερσόνησο του Γιουκατάν.
* Ο Ινδικός Ωκεανός: Γύρω από τις Σεϋχέλλες, τις Μαλδίβες και τη Σρι Λάνκα.
* Ο Ειρηνικός Ωκεανός: Οι Φιλιππίνες, η Ινδονησία και τα νησιά του Γκαλαπάγκου είναι δημοφιλή σημεία.
* Ο Ατλαντικός Ωκεανός: Η ακτή της Δυτικής Αφρικής και η Θάλασσα της Καραϊβικής είναι καλές τοποθεσίες.
* Η Ερυθρά Θάλασσα: Ειδικά γύρω από την αιγυπτιακή ακτή.
Ενώ οι καρχαρίες φαλαινών βρίσκονται σε διάφορες τοποθεσίες, η κατανομή τους επηρεάζεται από παράγοντες όπως η θερμοκρασία του νερού, η αφθονία του πλαγκτόν και η παρουσία κατάλληλων χώρων αναπαραγωγής.