Οι πισίνες αλατιού λειτουργούν ελαφρώς διαφορετικά από τις παραδοσιακές ομάδες χλωρίου. Και οι δύο απολυμαίνονται χρησιμοποιώντας χλώριο, αλλά το χλώριο σε μια πισίνα αλατιού παράγεται όταν το αλάτι διαλύεται σε νερό, αντί να προστίθεται άμεσα στην πισίνα όπως σε μια πισίνα χλωρίου.
Οι παραδοσιακές πισίνες χλωρίδων έχουν συνήθως επίπεδο χλωρίου 1-3 ppm (μέρη ανά εκατομμύριο), ενώ οι πισίνες αλατιού συνήθως έχουν επίπεδο χλωρίου 1-3.500 ppm. Παρόλο που τα επίπεδα χλωρίου του αλμυρού νερού είναι υψηλότερα, το ίδιο το χλώριο είναι λιγότερο σκληρό σε πισίνες αλμυρού νερού από ό, τι στις πισίνες χλωρίου. Το σύστημα αλμυρού νερού παράγει μια μορφή χλωρίου που ονομάζεται υποχλωριώδες οξύ, το οποίο είναι λιγότερο αντιδραστικό και διαλύεται πιο αργά από το χλώριο σε παραδοσιακές πισίνες χλωρίου. Αυτή η βραδύτερη διάχυση σημαίνει ότι η πισίνα άλατος δεν απαιτεί επιπλέον χλώριο τόσο συχνά και τα φυτά γύρω από την πισίνα είναι λιγότερο εκτεθειμένα σε υψηλά επίπεδα χλωρίου.