Όταν το ξύδι έρχεται σε επαφή με το γονιμοποιημένο ωάριο, προκαλεί τη διάσπαση των εξωτερικών στοιβάδων του αυγού. Αυτό μπορεί να αποτρέψει την ανάπτυξη του εμβρύου σε βιώσιμο οργανισμό, καθώς το προστατευτικό κέλυφος είναι σε κίνδυνο και το έμβρυο μπορεί να μην είναι σε θέση να επιβιώσει έξω από το προστατευμένο περιβάλλον του.
Σε ορισμένες περιπτώσεις, το ξύδι μπορεί επίσης να προκαλέσει παραμόρφωση ή βλάβη του εμβρύου, επηρεάζοντας τη βιωσιμότητά του. Η έκταση της βλάβης που προκαλείται από το ξύδι εξαρτάται από τη συγκέντρωση του ξιδιού, τη διάρκεια της έκθεσης και το στάδιο ανάπτυξης του εμβρύου.
Λόγω των πιθανών επιβλαβών συνεπειών του, το ξύδι γενικά δεν συνιστάται για το χειρισμό γονιμοποιημένων ωαρίων ή για τη διατήρηση των εμβρύων, ειδικά σε ευαίσθητες βιολογικές εφαρμογές ή όπου η επιβίωση και η ακεραιότητα του εμβρύου είναι ζωτικής σημασίας.