1. Έντερα: Η σαλμονέλα αποικίζεται και αναπαράγεται κυρίως στο γαστρεντερικό σωλήνα, συγκεκριμένα στα έντερα. Τα βακτήρια μπορούν να πολλαπλασιαστούν γρήγορα στο λεπτό έντερο, προκαλώντας φλεγμονή και συναφή συμπτώματα όπως διάρροια, κοιλιακό άλγος, πυρετό και ναυτία.
2. Μεσεντερικοί λεμφαδένες: Ως μέρος της ανοσολογικής απόκρισης του οργανισμού, η σαλμονέλα μπορεί να εισβάλει στους μεσεντέριους λεμφαδένες, οι οποίοι βρίσκονται κοντά στα έντερα. Μέσα σε αυτούς τους λεμφαδένες, τα βακτήρια μπορούν να πολλαπλασιαστούν και να προκαλέσουν φλεγμονή.
3. Ήπαρ και σπλήνα: Σε σοβαρές περιπτώσεις, ιδιαίτερα με διεισδυτική μη τυφοειδή σαλμονέλα (inNTS), τα βακτήρια μπορούν να εξαπλωθούν μέσω της κυκλοφορίας του αίματος και να φτάσουν στο ήπαρ και τη σπλήνα. Εδώ, η σαλμονέλα μπορεί να αναπαραχθεί εντός των ιστών και των κυττάρων Kupffer του ήπατος και των μακροφάγων του σπλήνα.
4. Χοληδόχος κύστη: Σε άτομα με υποκείμενες παθήσεις όπως πέτρες στη χολή ή ανωμαλίες των χοληφόρων, η σαλμονέλα μπορεί να αποικίσει τη χοληδόχο κύστη και να πολλαπλασιαστεί μέσα στη χολή. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε φλεγμονή της χοληδόχου κύστης (χολοκυστίτιδα).
5. Άλλοι ιστότοποι: Σε σπάνιες περιπτώσεις, μπορεί να εμφανιστεί διάχυτη ασθένεια, επιτρέποντας στη σαλμονέλα να εξαπλωθεί σε άλλα όργανα και ιστούς πέρα από τη γαστρεντερική οδό, όπως η κυκλοφορία του αίματος (βακτηριαιμία), τα οστά, οι αρθρώσεις, οι μήνιγγες και οι καρδιακές βαλβίδες. Η αναπαραγωγή μπορεί στη συνέχεια να συμβεί εντός αυτών των μολυσμένων σημείων.