Οι παραδοσιακοί ιστοί τροφίμων συχνά απεικονίζουν τα οικοσυστήματα ως γραμμικές αλυσίδες, με έναν οργανισμό να τρώει έναν άλλο με διαδοχικό τρόπο. Ωστόσο, στην πραγματικότητα, οι οικολογικές αλληλεπιδράσεις είναι πολύ πιο πολύπλοκες και διασυνδεδεμένες. Πολλοί οργανισμοί καταναλώνουν μια ποικιλία πηγών τροφίμων και οι δίαιτες τους μπορεί να ποικίλουν ανάλογα με παράγοντες όπως η διαθεσιμότητα πόρων και ο ανταγωνισμός. Επιπλέον, τα είδη μπορεί να αλληλεπιδρούν με μη-προβλεπόμενους τρόπους, όπως μέσω του αμοιβαίου χαρακτήρα ή του συναρπασισμού. Με την υπεραπλουντοποίηση της πολυπλοκότητας των οικολογικών αλληλεπιδράσεων, οι παραδοσιακοί ιστές τροφίμων μπορούν να αποτύχουν να συλλάβουν το πλήρες φάσμα δυναμικών που εμφανίζονται μέσα στα οικοσυστήματα.
Δεν λαμβάνουν υπόψη έμμεσες επιδράσεις:
Οι παραδοσιακοί ιστοί τροφίμων επικεντρώνονται κυρίως στις άμεσες αλληλεπιδράσεις μεταξύ των αρπακτικών και των λεία. Ωστόσο, πολλές οικολογικές επιδράσεις είναι έμμεσες και μπορεί να εμφανιστούν μέσω πολλαπλών τροφικών επιπέδων. Για παράδειγμα, η απομάκρυνση ενός κορυφαίου αρπακτικού μπορεί να οδηγήσει σε αύξηση του πληθυσμού του θήραμά του, η οποία με τη σειρά του μπορεί να επηρεάσει την αφθονία άλλων ειδών που αλληλεπιδρούν με τα είδη θηραμάτων. Οι παραδοσιακοί ιστές τροφίμων συχνά παραβλέπουν αυτά τα έμμεσα αποτελέσματα, τα οποία μπορούν να έχουν σημαντικές συνέπειες για τη δυναμική του οικοσυστήματος.
Δεν έχουν πληροφορίες σχετικά με τη δύναμη και τη συχνότητα των αλληλεπιδράσεων:
Οι παραδοσιακοί ιστές τροφίμων συνήθως δείχνουν μόνο την παρουσία ή την απουσία αλληλεπιδράσεων μεταξύ των ειδών, αλλά δεν παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τη δύναμη ή τη συχνότητα αυτών των αλληλεπιδράσεων. Αυτές οι πληροφορίες είναι ζωτικής σημασίας για την κατανόηση της δομής και της δυναμικής των οικοσυστημάτων. Για παράδειγμα, μια ισχυρή αλληλεπίδραση μεταξύ ενός ειδικού αρπακτικού και θηραμάτων μπορεί να έχει μεγαλύτερο αντίκτυπο στο οικοσύστημα από μια αδύναμη αλληλεπίδραση. Ομοίως, η συχνότητα των αλληλεπιδράσεων μπορεί να επηρεάσει τη συνολική επίδραση ενός θηρευτή στο θήραμά του. Παραβλέποντας τη δύναμη και τη συχνότητα των αλληλεπιδράσεων, οι παραδοσιακοί ιστές τροφίμων μπορούν να υπερπροσδιορίσουν την πολυπλοκότητα των οικολογικών σχέσεων.
Είναι στατικά και δεν λαμβάνουν υπόψη τη χρονική δυναμική:
Οι παραδοσιακοί ιστές τροφίμων παρουσιάζονται συχνά ως στατικά στιγμιότυπα οικοσυστήματα, αλλά οι οικολογικές αλληλεπιδράσεις αλλάζουν συνεχώς με την πάροδο του χρόνου. Οι πληθυσμοί των ειδών κυμαίνονται, τα νέα είδη μπορούν να εισέλθουν στο οικοσύστημα και τα υπάρχοντα είδη μπορεί να εξαφανιστούν. Αυτές οι αλλαγές μπορούν να μεταβάλλουν τη δομή και τη δυναμική των ιστών τροφίμων και των παραδοσιακών ιστών τροφίμων που δεν αντιπροσωπεύουν τη χρονική δυναμική μπορεί να αποτύχουν να καταγράψουν την πλήρη πολυπλοκότητα των οικολογικών συστημάτων.