Τα ιθαγενή είδη έχουν εξελιχθεί παράλληλα με άλλους οργανισμούς στο περιβάλλον τους και έχουν αναπτύξει μοναδικές σχέσεις και εξαρτήσεις με άλλα φυτά και ζώα. Είναι συχνά είδη Keystone, πράγμα που σημαίνει ότι η παρουσία τους επηρεάζει σημαντικά τη σύνθεση και τη δυναμική των οικολογικών κοινοτήτων τους. Τα ιθαγενή είδη συμβάλλουν στην οικολογική ισορροπία, όπως η παροχή τροφίμων και καταφυγίων για άλλους οργανισμούς, επικονιαστές φυτά, διασκορπιστικά σπόρους και ρυθμίζοντας πληθυσμούς επιβλαβών οργανισμών.
Σε αντίθεση με τα εισαγόμενα ή μη γηγενή είδη, τα ιθαγενή είδη έχουν συνήθως εξελίξει πάνω από χιλιάδες ή εκατομμύρια χρόνια στα εγγενή τους ενδιαιτήματα. Τα εισαγόμενα είδη είναι εκείνα που έχουν μεταφερθεί σκόπιμα ή ακούσια σε μια νέα περιοχή εκτός της φυσικής τους περιοχής, είτε μέσω ανθρώπινων δραστηριοτήτων είτε μέσω φυσικών γεγονότων όπως η φυσική διασπορά. Ενώ ορισμένα είδη που εισάγονται μπορεί να πολιτογραφηθούν και να προσαρμοστούν στο νέο περιβάλλον τους χωρίς να προκαλέσουν σημαντικές βλάβες, άλλοι μπορεί να γίνουν επεμβατικές και απειλές για τα ιθαγενή είδη και τα οικοσυστήματα.
Η κατανόηση των ιθαγενών ειδών και των οικολογικών τους ρόλων είναι απαραίτητη για τις προσπάθειες διατήρησης. Η διατήρηση των ιθαγενών ειδών είναι ζωτικής σημασίας για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας, της οικολογικής σταθερότητας και της ανθεκτικότητας του οικοσυστήματος. Η προστασία και η διαχείριση των οικοτόπων, η πρόληψη της εισαγωγής επιβλαβών χωροκατακτητικών ειδών και η αποκατάσταση των εγγενών πληθυσμών αποτελούν βασικές στρατηγικές στη βιολογία διατήρησης.