1. Convergent Evolution :Η σύγκλιση της εξέλιξης εμφανίζεται όταν τα άσχετα είδη εξελίσσουν παρόμοια χαρακτηριστικά ανεξάρτητα, συχνά σε απάντηση σε παρόμοιες περιβαλλοντικές πιέσεις. Για παράδειγμα, το βελτιωμένο σχήμα του σώματος των δελφινιών και των ψαριών έχει εξελιχθεί ανεξάρτητα και στις δύο ομάδες ως προσαρμογή για αποτελεσματική κίνηση στο νερό. Παρά την παρόμοια εμφάνισή τους, τα δελφίνια είναι θηλαστικά, ενώ τα ψάρια είναι σπονδυλωτά και ανήκουν σε διαφορετικές εξελικτικές γενεές.
2. Κοινόχρηστα προγονικά χαρακτηριστικά :Ορισμένα είδη μπορεί να μοιράζονται ορισμένα χαρακτηριστικά λόγω της κοινής καταγωγής, παρόλο που έχουν στη συνέχεια αποκλίνει και αποκτήσουν ξεχωριστά χαρακτηριστικά. Για παράδειγμα, οι νυχτερίδες και τα πουλιά έχουν και τα φτερά, αλλά οι νυχτερίδες είναι θηλαστικά, ενώ τα πουλιά είναι ερπετά. Η παρουσία των φτερών και στις δύο ομάδες υποδηλώνει μια κοινή εξελικτική ιστορία.
3. Μοριακά στοιχεία :Η γενετική ανάλυση, όπως η αλληλουχία του DNA, μπορεί να αποκαλύψει τις πραγματικές εξελικτικές σχέσεις μεταξύ των ειδών. Συγκρίνοντας τις αλληλουχίες DNA, οι επιστήμονες μπορούν να καθορίσουν τον βαθμό γενετικής ομοιότητας μεταξύ διαφορετικών ειδών και να συμπεράνουν τις εξελικτικές τους σχέσεις. Τα στοιχεία DNA μπορούν να αποκαλύψουν στενές γενετικές σχέσεις ακόμη και μεταξύ ειδών που φαίνονται πολύ διαφορετικά μορφολογικά.
4. Προσαρμοστική ακτινοβολία :Η προσαρμοστική ακτινοβολία εμφανίζεται όταν ένα μόνο πρόγραμμα προγονίας δημιουργεί μια σειρά από διαφορετικά είδη με ξεχωριστές μορφολογίες και προσαρμογές. Ένα παράδειγμα είναι τα σκασίματα του Δαρβίνου στα νησιά του Γκαλαπάγκος, όπου διαφορετικά είδη finch έχουν εξελίξει διαφορετικά σχήματα ράμφων για να εκμεταλλευτούν συγκεκριμένες πηγές τροφίμων. Παρά τις διακυμάνσεις τους στη δομή του ράμφους, αυτά τα φινίρισμα μοιράζονται έναν κοινό πρόγονο και είναι στενά συνδεδεμένες.
Επομένως, είναι δυνατόν για δύο είδη που φαίνονται πολύ διαφορετικά μεταξύ τους να είναι πιο στενά συνδεδεμένα από ό, τι παρόμοια με άλλα είδη λόγω παραγόντων όπως η συγκλίνουσα εξέλιξη, τα κοινά προγονικά χαρακτηριστικά, τα μοριακά στοιχεία και η προσαρμοστική ακτινοβολία.