1. :Το απολιθωμένο αρχείο είναι συχνά αποσπασματικό και ελλιπές λόγω διαφόρων παραγόντων όπως η έλλειψη απολιθωμένων υπολειμμάτων, οι ταχονομικές διεργασίες και η άνιση διατήρηση διαφορετικών οργανισμών. Αυτή η ατέλεια μπορεί να δυσκολευτεί να επιτευχθεί μια ολοκληρωμένη κατανόηση της μορφολογίας και των ανατομικών χαρακτηριστικών των εξαφανισμένων ειδών, τα οποία είναι ζωτικής σημασίας για την ακριβή ταξινόμηση.
2. Περιορισμένη συντήρηση μαλακών ιστών :Τα απολιθώματα διατηρούν κυρίως σκληρές δομές όπως τα οστά, τα δόντια και τα κελύφη. Οι μαλακοί ιστοί, όπως οι μύες, τα όργανα και το δέρμα, σπάνια απολύτως, αφήνοντας σημαντικά κενά στη γνώση μας σχετικά με τη συνολική εμφάνιση, τον χρωματισμό και τη συμπεριφορά των εξαφανισμένων οργανισμών. Αυτό μπορεί να κάνει πρόκληση να τα τοποθετήσουν με ακρίβεια μέσα σε υπάρχουσες ταξινομικές ομάδες.
3. Taphonomic alteration :Οι ταχονομικές διεργασίες, οι οποίες αναφέρονται στις αλλαγές που συμβαίνουν σε έναν οργανισμό μετά το θάνατο πριν από το απολιθωμένο του, μπορούν να μεταβάλλουν σημαντικά τη μορφολογία των υπολειμμάτων. Παράγοντες όπως το Scavenging, το Weathering, η Μεταφορά και η ταφή μπορούν να παραμορφώσουν, να σπάσουν ή ακόμα και να καταστρέψουν σημαντικά ανατομικά χαρακτηριστικά, καθιστώντας πιο δύσκολο τον εντοπισμό και την ταξινόμηση του οργανισμού.
4. Μορφολογική σύγκλιση και κρυπτικά είδη :Μερικοί εξαφανισμένοι οργανισμοί μπορεί να έχουν εξελίξει παρόμοια χαρακτηριστικά με άλλα είδη λόγω συγκλίνουσας εξέλιξης ή προσαρμογής σε παρόμοιες οικολογικές κόγχες. Αυτή η σύγκλιση μπορεί να οδηγήσει σε ταξινομική σύγχυση και εσφαλμένη ταξινόμηση, ειδικά όταν βασίζεται αποκλειστικά σε απολιθωμένα στοιχεία. Τα κρυπτικά είδη, τα οποία είναι ξεχωριστά είδη, αλλά παρουσιάζουν ελάχιστες μορφολογικές διαφορές, μπορούν επίσης να περιπλέξουν την ταξινόμηση των εξαφανισμένων οργανισμών.
5. Έλλειψη γενετικών δεδομένων :Τα απολιθωμένα στοιχεία από μόνα τους δεν παρέχουν άμεση πρόσβαση σε γενετικές πληροφορίες, οι οποίες είναι απαραίτητες για τις σύγχρονες ταξινομικές μεθόδους όπως η ανάλυση DNA. Τα γενετικά δεδομένα μπορούν να αποκαλύψουν σχέσεις μεταξύ των οργανισμών και να παρέχουν πληροφορίες για την εξελικτική τους ιστορία. Χωρίς γενετικές πληροφορίες, η ταξινόμηση των εξαφανισμένων οργανισμών μπορεί να περιορίζεται σε μορφολογικές συγκρίσεις, οι οποίες μπορεί να μην είναι πάντα καθοριστικές.
6. Ταξινομική αναθεώρηση και μεταβαλλόμενες έννοιες :Οι ταξινομικές ταξινομήσεις αναθεωρούνται συνεχώς με βάση τις νέες ανακαλύψεις απολιθωμάτων, τις εξελίξεις στις μεθόδους έρευνας και τις μεταβαλλόμενες ερμηνείες των εξελικτικών σχέσεων. Αυτή η δυναμική φύση της ταξινόμησης σημαίνει ότι οι ταξινομήσεις που βασίζονται αποκλειστικά σε απολιθωμένα στοιχεία ενδέχεται να γίνουν ξεπερασμένες ή αναθεωρημένες καθώς η κατανόησή μας για τους εξαφανισμένους οργανισμούς βελτιώνεται.
Παρά τις προκλήσεις αυτές, οι παλαιοντολόγοι χρησιμοποιούν μια ποικιλία τεχνικών και προσεγγίσεων για την ταξινόμηση εξαφανισμένων οργανισμών, συμπεριλαμβανομένης της συγκριτικής ανατομίας, της λειτουργικής μορφολογίας και της φυλογενετικής ανάλυσης. Συνδυάζοντας απολιθωμένα στοιχεία με άλλες πηγές πληροφοριών, όπως η ιζηματολογία, η παλαιοεξολογία και η βιογεωγραφία, οι επιστήμονες προσπαθούν να ανακατασκευάσουν την εξελικτική ιστορία και τις σχέσεις των εξαφανισμένων οργανισμών και να τις τοποθετήσουν στο ευρύτερο πλαίσιο του δέντρου της ζωής.