Απώλεια οικοτόπου είναι άλλη μια σημαντική απειλή για τα αιχμαλώτια. Οι μανάτες βασίζονται σε ρηχά, ζεστά νερά για την επιβίωση και ο βιότοπός τους καταστρέφεται από ανθρώπινες δραστηριότητες όπως η ανάπτυξη των ακτών, η ρύπανση και η κλιματική αλλαγή. Καθώς ο βιότοπός τους εξαφανίζεται, τα ανθρωποφάγα έχουν λιγότερα μέρη για να ζήσουν και να τραφούν, γεγονός που μπορεί να οδηγήσει σε μείωση του πληθυσμού και τελικά εξαφάνιση.
Κυνήγι και λαθροθηρία αποτελούν επίσης σημαντικές απειλές για τα μανάτα. Οι μανάγιες κυνηγούνται για το κρέας, το δέρμα και το λάδι τους και συχνά σκοτώνονται ως παρεμπίπτοντα αλιεύματα σε αλιευτικά εργαλεία. Σε ορισμένες περιοχές, τα αυχένα σκοτώνονται επίσης σκόπιμα από ανθρώπους που τα θεωρούν παράσιτα. Το κυνήγι και η λαθροθηρία μπορούν να μειώσουν τους πληθυσμούς των ανθρωποειδών και να συμβάλουν στην εξαφάνιση του είδους.
Κλιματική αλλαγή είναι μια αυξανόμενη απειλή για τα μανάτα. Καθώς το κλίμα της Γης αλλάζει, η στάθμη της θάλασσας ανεβαίνει και η θερμοκρασία του νερού αυξάνεται. Αυτό μπορεί να διαταράξει τα μοτίβα σίτισης και αναπαραγωγής των ανθρωποειδών και να τα καταστήσει πιο ευάλωτα σε ασθένειες. Η κλιματική αλλαγή μπορεί επίσης να οδηγήσει σε αλλαγές στους παράκτιους οικοτόπους, οι οποίοι μπορούν να απειλήσουν περαιτέρω τους πληθυσμούς των μανατίων.
Αντιμετωπίζοντας αυτές τις απειλές, μπορούμε να βοηθήσουμε στην προστασία των μανατίων και στην πρόληψη της εξαφάνισής τους.