Ωστόσο, υπάρχουν μερικές εξαιρέσεις:
* μεγαλύτεροι κροκόδειλοι: Μεγαλύτεροι κροκόδειλοι αλμυρού νερού, περιστασιακά, θύματα σε μικρότερα άτομα του δικού τους είδους, ειδικά των ανηλίκων. Αυτό είναι γνωστό ως κανιβαλισμός.
* μεγάλα φίδια: Ορισμένα πολύ μεγάλα φίδια, όπως οι δικτυωμένοι πύθωνες, είναι γνωστό ότι σκοτώνουν και καταναλώνουν νέους κροκόδειλους αλμυρού νερού.
* Άλλοι αρπακτικοί κορυφής: Σε σπάνιες περιπτώσεις, οι καρχαρίες, ειδικά οι μεγάλοι καρχαρίες ταύρων, μπορεί να θυσιάσουν τους νεαρούς κροκόδειλους, ειδικά σε περιβάλλοντα των εκβολών ποταμών.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι αυτές οι περιπτώσεις είναι ασυνήθιστες και η συντριπτική πλειοψηφία των κροκόδειλων αλμυρού νερού πεθαίνουν από φυσικές αιτίες όπως ασθένεια ή γήρας.
Υπάρχει επίσης η δυνατότητα ανθρώπινης παρέμβασης. Για παράδειγμα, μερικοί άνθρωποι κυνηγούν κροκόδειλους, αν και αυτό συχνά περιορίζεται ή ρυθμίζεται.