θνησιμότητα αυγών και νεοσσών: Η αραίωση του θαλάσσιου πάγου αυξάνει επίσης τον κίνδυνο θνησιμότητας αυγών και κοτόπουλων συντρίβοντας ή πνιγμό.
εξάντληση των θηραμάτων: Η αλλαγή του κλίματος επηρεάζει την αφθονία του μικροσκοπικού Krill που μοιάζει με γαρίδες, μια βασική πηγή τροφής για τους πιγκουίνους των αυτοκράτορα και τη λεία τους, μειώνοντας τη διαθεσιμότητά τους για τους πιγκουίνους.
Ψάρεμα και άλλες ανθρώπινες δραστηριότητες: Οι άνθρωποι μπορούν να διαταράξουν τις αποικίες πιγκουίνου μέσω της αλιείας, του τουρισμού και της επιστημονικής έρευνας, ειδικά κατά τη διάρκεια των ευαίσθητων περιόδων αναπαραγωγής και φωλεοποίησης.
Πλαστική ρύπανση :Οι πιγκουίνοι των αυτοκράτορα μπορούν να καταναλώσουν πλαστικά απόβλητα στον ωκεανό ενώ ψάχνουν για φαγητό, οδηγώντας σε προβλήματα υγείας και μειωμένη επιβίωση.
Ασθενειές και παρασίτες: Η αλλαγή του κλίματος μπορεί να μεταβάλει τη δυναμική του οικοσυστήματος και να εκθέσει τους πιγκουίνους των αυτοκράτορα σε νέες ασθένειες ή παράσιτα που δεν είναι προσαρμοσμένα για να χειριστούν, οδηγώντας σε παρακμή του πληθυσμού.
ανταγωνισμός από άλλα είδη :Με την απώλεια πάγου του θαλάσσιου πάγου και τα μεταβαλλόμενα οικοσυστήματα, οι αυτοκράτορες πιγκουίνες μπορεί να αντιμετωπίσουν αυξημένο ανταγωνισμό για τρόφιμα και αναπαραγωγής από άλλα είδη, εντείνουν περαιτέρω τις απειλές που αντιμετωπίζουν.