* protozoa :Τα πρωτόζωα είναι μια διαφορετική ομάδα μονοκύτταρων οργανισμών που βρίσκονται σε όλους τους τύπους οικοτόπων, συμπεριλαμβανομένου του εδάφους, του νερού και ακόμη και του ανθρώπινου σώματος. Τρέφονται με άλλους μικροοργανισμούς και διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στην τροφική αλυσίδα. Ορισμένα κοινά παραδείγματα μικροσκοπικών πρωτόζωων περιλαμβάνουν αμοιβάδες, παραμικία και Euglena.
* βακτήρια :Τα βακτήρια είναι μικροοργανισμοί με μονό κύτταρο που βρίσκονται σχεδόν σε κάθε περιβάλλον της Γης. Έρχονται σε μια μεγάλη ποικιλία σχημάτων και μεγεθών και διαδραματίζουν καθοριστικό ρόλο στην αποσύνθεση της οργανικής ύλης, στη σταθεροποίηση του αζώτου και στην παραγωγή οξυγόνου. Μερικά κοινά παραδείγματα μικροσκοπικών βακτηρίων περιλαμβάνουν Ε. Coli, Bacillus subtilis και Staphylococcus aureus.
* μύκητες :Οι μύκητες περιλαμβάνουν ζύμη, καλούπια και σαρκώδεις μύκητες. Μερικοί μικροσκοπικοί μύκητες περιλαμβάνουν Aspergillus, Penicillium και Candida.
* microinvertebrates :Τα μικροεπινομέτρια είναι μικροσκοπικά ζώα που περιλαμβάνουν περιστροφικά, νηματώδη και tardigrades.
* πλαγκτόν :Το πλαγκτόν είναι μια διαφορετική ομάδα μικροσκοπικών οργανισμών που ζουν στο νερό. Μερικά παραδείγματα πλαγκτόν περιλαμβάνουν διατομές, dinoflagellates και copepods.