Η κύρια διαφορά μεταξύ των θαλάσσιων και των οικοσυστημάτων γλυκού νερού είναι η ποσότητα αλατιού στο νερό. Τα θαλάσσια οικοσυστήματα βρίσκονται στους ωκεανούς και τις θάλασσες, τα οποία έχουν υψηλή περιεκτικότητα σε αλάτι, ενώ τα οικοσυστήματα γλυκού νερού βρίσκονται σε λίμνες, ποτάμια και ρέματα, τα οποία έχουν χαμηλή περιεκτικότητα σε αλάτι.