* Predators: Οι καρχαρίες των φαλαινών έχουν λίγους θηρευτές, αλλά μερικές φορές θρυμματίζονται από φάλαινες δολοφόνων, μεγάλους λευκούς καρχαρίες και καρχαρίες τίγρης.
* ασθένεια: Οι καρχαρίες των φαλαινών μπορούν να υποφέρουν από ποικίλες ασθένειες, συμπεριλαμβανομένων βακτηριακών λοιμώξεων, ιογενών λοιμώξεων και παρασιτικών παρασιτιστικών.
* Απώλεια οικοτόπων: Οι καρχαρίες φαλαινών βασίζονται σε υγιείς κοραλλιογενείς υφάλους και σε άλλα θαλάσσια ενδιαιτήματα για να επιβιώσουν. Ωστόσο, αυτά τα ενδιαιτήματα απειλούνται όλο και περισσότερο από ανθρώπινες δραστηριότητες, όπως η ρύπανση, η παράκτια ανάπτυξη και η αλλαγή του κλίματος.