Οι πιθανές συνέπειες της εξαφάνισης των καρχαρία φαλαινών περιλαμβάνουν διαταραχές στα θαλάσσια οικοσυστήματα που βασίζονται στην παρουσία τους για τη μεταφορά θρεπτικών ουσιών και τη διατήρηση τροφικών ιστών τροφίμων. Αυτές οι διαταραχές μπορεί με τη σειρά τους να επηρεάσουν άλλα θαλάσσια είδη, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που συλλέγονται για κατανάλωση από τον άνθρωπο, αλλά τυχόν επιπτώσεις στην ανθρώπινη αλιεία θα ήταν πιθανώς έμμεσες και όχι τόσο έντονες όσο αυτές που προκαλούνται από την υπεραλίευση, την αλλαγή του κλίματος και την καταστροφή των οικοτόπων.
Τελικά, οι καρχαρίες φαλαινών έχουν ελάχιστη άμεση σημασία για την ανθρώπινη ζωή σε σύγκριση με άλλα απειλούμενα είδη που παρέχουν τρόφιμα, υποστηρίζουν υπηρεσίες οικοσυστήματος ή ακόμη και χρησιμεύουν ως πηγές επιστημονικών και ιατρικών γνώσεων.