Ωστόσο, με την πάροδο του χρόνου, η ερμηνεία αυτού του "μεγάλου ψαριού" ως φάλαινας έγινε δημοφιλής, πιθανώς λόγω του τεράστιου μεγέθους της φάλαινας και της σύνδεσης με τη θάλασσα.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι:
* Η Βίβλος δεν δηλώνει ρητά ότι ήταν μια φάλαινα. Ο όρος "Μεγάλα ψάρια" αφήνει περιθώρια για ερμηνεία.
* Υπάρχουν άλλες δυνατότητες. Άλλα μεγάλα θαλάσσια πλάσματα υπήρχαν και εξακολουθούν να υπάρχουν που θα μπορούσαν να έχουν καταπιεί τον Ιωνά, όπως ένα γιγαντιαίο καλαμάρι ή έναν καρχαρία.
Τελικά, η ακριβής φύση του "μεγάλου ψαριού" είναι θέμα ερμηνείας και συζήτησης. Η ιστορία χρησιμεύει ως ισχυρή αλληγορία για το έλεος και τη συγχώρεση του Θεού, ανεξάρτητα από το συγκεκριμένο πλάσμα που εμπλέκεται.