Απώλεια οικοτόπου :Οι πιγκουίνοι εξαρτώνται σε μεγάλο βαθμό από τα συγκεκριμένα ενδιαιτήματά τους για αναπαραγωγή, φωλεοποίηση και διατροφή. Ανθρώπινες δραστηριότητες όπως η αστικοποίηση, η ανάπτυξη των ακτών και η ρύπανση μπορούν να καταστρέψουν ή να υποβαθμίσουν αυτούς τους βιότοπους, αναγκάζοντας τους πιγκουίνους να μετακινηθούν σε λιγότερο κατάλληλες περιοχές ή να ανταγωνίζονται για πόρους με άλλα είδη.
Κλιματική αλλαγή :Η άνοδος της παγκόσμιας θερμοκρασίας, το λιώσιμο των θαλάσσιων πάγων και η αλλαγή των ρευμάτων των ωκεανών διαταράσσουν τα οικοσυστήματα από τα οποία εξαρτώνται οι πιγκουίνοι. Αυτές οι αλλαγές μπορούν να επηρεάσουν τη διαθεσιμότητα τροφής, την αναπαραγωγική επιτυχία και τη συνολική επιβίωσή τους.
Ρύπανση :Οι πετρελαιοκηλίδες, η πλαστική ρύπανση και άλλοι περιβαλλοντικοί ρύποι μπορούν να βλάψουν τους πιγκουίνους άμεσα ή έμμεσα επηρεάζοντας τις πηγές τροφής ή τα ενδιαιτήματά τους.
Εμπορική εκμετάλλευση :Ορισμένα είδη πιγκουίνων έχουν κυνηγηθεί για το κρέας, τα φτερά και τα αυγά τους, με αποτέλεσμα τη μείωση του πληθυσμού τους. Αν και το εμπορικό κυνήγι είναι πλέον απαγορευμένο στις περισσότερες χώρες, η παράνομη λαθροθηρία εξακολουθεί να συμβαίνει.
Ασθένειες και παράσιτα :Οι πιγκουίνοι μπορούν να προσβληθούν από διάφορες ασθένειες και παράσιτα που μπορούν να εξαπλωθούν γρήγορα σε πυκνά γεμάτες αποικίες, προκαλώντας υψηλά ποσοστά θνησιμότητας.
Θηρασία :Οι πιγκουίνοι αντιμετωπίζουν απειλές από αρπακτικά όπως φώκιες, φώκιες λεοπάρδαλης και φάλαινες δολοφόνους. Αν και αυτά τα αρπακτικά αποτελούν φυσικό μέρος του οικοσυστήματος, οι πληθυσμοί τους μπορεί να αυξηθούν όταν οι άνθρωποι μειώνουν τους φυσικούς θηρευτές τους.
Ασθένεια :Οι πιγκουίνοι είναι ευάλωτοι σε εστίες ασθενειών που μπορούν να εξαπλωθούν γρήγορα στις πυκνές αποικίες τους. Ασθένειες όπως η γρίπη των πτηνών και η ελονοσία των πτηνών αποτελούν σημαντική απειλή για τους πληθυσμούς των πιγκουίνων.