Ασθένεια: Το κουνάβι με τα μαυροπόδαρα είναι ευαίσθητο σε διάφορες ασθένειες, όπως η σιλβατική πανώλη, η σύγχυση του σκύλου και η τουλαραιμία. Αυτές οι ασθένειες μπορούν να εξαπλωθούν γρήγορα μέσω των αποικιών σκύλων λιβάδι, αποδεκατίζοντας πληθυσμούς μαυροπόδαρων κουνάβι.
Inbreeding: Το μαυροπόδαρο κουνάβι έχει μικρό μέγεθος πληθυσμού, γεγονός που το καθιστά πιο ευαίσθητο στις επιπτώσεις της ενδογαμίας. Η ενδογαμία μπορεί να οδηγήσει σε απώλεια γενετικής ποικιλότητας, η οποία μπορεί να κάνει τον πληθυσμό πιο ευάλωτο σε ασθένειες και άλλες απειλές.
Θηρασία: Τα μαυροπόδαρα κουνάβια θηρεύονται από μια ποικιλία αρπακτικών, όπως κογιότ, γεράκια και κουκουβάγιες. Καθώς ο πληθυσμός των μαυροπόδαρων έχει μειωθεί, το ίδιο ισχύει και για τον αριθμό των αρπακτικών που βασίζονται σε αυτά για τροφή. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε αύξηση των πληθυσμών αρπακτικών, που μπορεί να απειλήσει περαιτέρω τα μαυροπόδαρα κουνάβια.
Κλιματική αλλαγή: Η κλιματική αλλαγή προβλέπεται να έχει σημαντικό αντίκτυπο στο κουνάβι με τα μαυροπόδαρα και τον βιότοπό του. Καθώς το κλίμα θερμαίνεται, οι αποικίες σκύλων λιβάδι αναμένεται να μειωθούν, γεγονός που θα μειώσει την ποσότητα καταφυγίου, τροφής και τοποθεσιών αναπαραγωγής που διατίθενται στα μαυροπόδαρα κουνάβια.