1. Απώλεια οικοτόπου: Η κύρια αιτία της μείωσης των πληθυσμών των μαυροπόδαρων κουνάβι ήταν η καταστροφή των λιβαδιών τους. Η μετατροπή αυτών των εδαφών για γεωργία, αστικοποίηση και ανάπτυξη πόρων είχε ως αποτέλεσμα τη σημαντική μείωση του διαθέσιμου οικοτόπου για σκύλους λιβάδι και, στη συνέχεια, για τα μαυροπόδαρα κουνάβια.
2. Δηλητηρίαση: Προγράμματα ελέγχου αρπακτικών που χρηματοδοτούνται από την κυβέρνηση, με στόχο την εξάλειψη των λιβαδιών σκύλων συχνά περιλάμβαναν τη χρήση δηλητηρίων, όπως η στρυχνίνη και το κυάνιο. Αυτά τα δηλητήρια εφαρμόστηκαν σε λαγούμια σκύλων λιβαδιών και συχνά επηρέαζαν είδη που δεν ήταν στόχοι, όπως το κουνάβι με τα μαυροπόδαρα, με αποτέλεσμα να μειωθεί ο αριθμός τους.
3. Ασθένεια: Η συλβατική πανώλη, μια ασθένεια που προκαλείται από το βακτήριο *Yersinia pestis*, είναι εξαιρετικά μολυσματική στα μαυροπόδαρα κουνάβια και έχει προκαλέσει σοβαρή μείωση του πληθυσμού. Αν και εγγενής σε ορισμένες περιοχές της Βόρειας Αμερικής, η ασθένεια μεταδόθηκε από Ευρωπαίους αποίκους και τα ζώα τους. Η ευαισθησία των μαυροπόδαρων κουνάβων στην πανώλη είναι ένας από τους σημαντικότερους παράγοντες που περιορίζουν την ανάρρωσή τους.
4. Κυνήγι και παγίδευση: Τα μαυροπόδαρα κουνάβια έχουν κυνηγηθεί και παγιδευτεί στο παρελθόν, κυρίως για τη γούνα τους. Αυτό δεν συνέβαλε σημαντικά στον κίνδυνο τους, αλλά πρόσθεσε τον σωρευτικό αντίκτυπο άλλων παραγόντων.
5. Ανταγωνισμός και αρπακτικά: Οι αλλαγές στο οικοσύστημα των λιβαδιών, όπως η παρακμή των σκύλων λιβάδι και η καταπάτηση των κογιότ, έχουν επηρεάσει τα μαυροπόδαρα κουνάβια. Τα κογιότ και οι οικόσιτοι σκύλοι θηρεύουν μαυροπόδαρα κουνάβια, ενώ η μείωση των αποικιών σκύλων λιβάδι επηρεάζει τη διαθεσιμότητα κατάλληλων λαγούμια, τροφής και κάλυψης για τα κουνάβια.
Έχουν γίνει προσπάθειες για τη διατήρηση και την ανάκτηση του μαυροπόδαρου κουνάβι μέσω προγραμμάτων αναπαραγωγής σε αιχμαλωσία, επανεισαγωγών και πρωτοβουλιών για τη διατήρηση των οικοτόπων. Ωστόσο, λόγω των συνεχιζόμενων προκλήσεων που δημιουργούνται από την απώλεια οικοτόπων, τις ασθένειες και τη θήρευση, το είδος παραμένει σε κρίσιμο κίνδυνο και ευάλωτο σε περαιτέρω μείωση του πληθυσμού.