* The Rumen: Τα βοοειδή έχουν ένα εξειδικευμένο στομάχι που ονομάζεται Rumen, το οποίο είναι θάλαμος ζύμωσης. Αυτό το περιβάλλον είναι σε μεγάλο βαθμό χωρίς οξυγόνο, καθιστώντας το ιδανικό για αναερόβια βακτήρια να ευδοκιμήσουν.
* Πεπτικές διαδικασίες: Τα αναερόβια βακτήρια διαδραματίζουν κρίσιμο ρόλο στην κατάρρευση του σύνθετου φυτικού υλικού όπως η κυτταρίνη, τα οποία καταναλώνουν τα βοοειδή. Αυτή η διαδικασία, γνωστή ως ζύμωση, παράγει πτητικά λιπαρά οξέα (VFAs) που παρέχουν στα βοοειδή ενέργεια.
* ευαισθησία οξυγόνου: Ενώ κάποια αερόβια βακτήρια μπορεί να υπάρχουν στα έντερα, οι αριθμοί τους είναι σημαντικά χαμηλότεροι σε σύγκριση με τα αναερόβια βακτήρια. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι το περιβάλλον του rumen είναι φτωχό οξυγόνο και πολλά αερόβια βακτήρια δεν μπορούν να επιβιώσουν σε τέτοιες συνθήκες.
Ως εκ τούτου, η πλειοψηφία των βακτηρίων στα έντερα βοοειδών, ιδιαίτερα στο rumen, είναι αναερόβια.