Από το στομάχι, το Chyme κινείται στο λεπτό έντερο, το οποίο είναι το μακρύτερο και πιο περίπλοκο μέρος του πεπτικού συστήματος. Εδώ, η πλειονότητα της απορρόφησης θρεπτικών ουσιών λαμβάνει χώρα καθώς το Chyme αναμιγνύεται με πεπτικά ένζυμα που παράγονται από το πάγκρεας, όπως η αμυλάση, η λιπάση και η πρωτεάση και η χολή που παράγεται από το ήπαρ. Αυτά τα ένζυμα διασπά τους σύνθετους υδατάνθρακες, λίπη και πρωτεΐνες σε απλά σάκχαρα, λιπαρά οξέα και αμινοξέα, αντίστοιχα. Τα τοιχώματα του λεπτού εντέρου περιέχουν μικροσκοπικές προβολές που μοιάζουν με δάχτυλα που ονομάζονται βόλτες που αυξάνουν την επιφάνεια για απορρόφηση θρεπτικών ουσιών.
Το αδιευκρίνιστο υλικό που απομένει μετά την απορρόφηση θρεπτικών ουσιών μετακινείται στο παχύ έντερο, το οποίο αποτελείται από το κόλον και το ορθό. Το κόλον απορροφά το νερό και τους ηλεκτρολύτες, μετατρέποντας το υπόλοιπο χυμό σε στερεά απόβλητα. Το ορθό αποθηκεύει τα στερεά απόβλητα έως ότου μπορεί να εξαλειφθεί από το σώμα μέσω του πρωκτού κατά τη διάρκεια της διαδικασίας αφαίρεσης.