Οι Congorees συναντήθηκαν για πρώτη φορά από τους Ευρωπαίους τον 16ο αιώνα. Το 1562, ο Ισπανός εξερευνητής Juan Pardo επισκέφθηκε το χωριό τους, το οποίο περιέγραψε ότι βρίσκεται σε μια ψηλή μπλόφα με θέα στον ποταμό. Οι Congorees ήταν φιλικοί προς τους Ισπανούς και τους έδωσαν φαγητό και προμήθειες.
Στις αρχές του 17ου αιώνα, οι Congorees επιτέθηκαν από τους Iroquois, οι οποίοι επιδιώκουν να επεκτείνουν την επικράτειά τους. Οι Congorees αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν το χωριό τους και να κινηθούν πιο νότια. Το 1670, εγκαταστάθηκαν στον ποταμό Santee, όπου ζούσαν για τα επόμενα 50 χρόνια.
Το 1715, οι Congorees επιτέθηκαν και πάλι από τους Iroquois, οι οποίοι συμμάχησαν με τους Βρετανούς. Οι Congorees νικήθηκαν και το χωριό τους καταστράφηκε. Οι επιζώντες έφυγαν από τους Waxhaws, οι οποίοι ήταν υποομάδες Catawba που ζούσε στη Βόρεια Καρολίνα.
Οι Congorees τελικά εξομοιώθηκαν στη φυλή Catawba και η γλώσσα και ο πολιτισμός τους χάθηκαν. Ωστόσο, το όνομά τους εξακολουθεί να θυμάται στα ονόματα πολλών θέσεων στη Νότια Καρολίνα, συμπεριλαμβανομένου του Εθνικού Πάρκου Congaree και του ποταμού Congaree.