Οι σκαντζόχοιροι έχουν ένα μοναδικό αναπνευστικό σύστημα που τους βοηθά να αναπνέουν οξυγόνο και να εκδιώξουν το διοξείδιο του άνθρακα. Οι πνεύμονες βρίσκονται στην κοιλότητα του θώρακα και συνδέονται με την τραχεία. Η τραχεία είναι ένας σωλήνας που μεταφέρει αέρα από και προς τους πνεύμονες.
Οι σκαντζόχοιροι έχουν ένα διάφραγμα που χωρίζει την κοιλότητα του θώρακα από την κοιλιακή κοιλότητα. Το διάφραγμα είναι ένας μυς που συστέλλεται και χαλαρώνει για να βοηθήσει τον σκαντζόχοιρο να αναπνεύσει. Όταν το διάφραγμα συστέλλεται, τραβάει αέρα στους πνεύμονες. Όταν το διάφραγμα χαλαρώσει, ωθεί τον αέρα από τους πνεύμονες.
Οι σκαντζόχοιροι έχουν επίσης ένα ζευγάρι ρουθούνων που βρίσκονται στο ρύγχος. Τα ρουθούνια χρησιμοποιούνται για να τραβήξουν στον αέρα. Ο αέρας διέρχεται έπειτα μέσα από την ρινική κοιλότητα, όπου θερμαίνεται και υγραίνεται. Ο θερμαινόμενος και υγρός αέρας στη συνέχεια ταξιδεύει κάτω από την τραχεία στους πνεύμονες.
Οι σκαντζόχοιροι έχουν ένα πολύ αποτελεσματικό αναπνευστικό σύστημα. Είναι σε θέση να αναπνέουν και να βγαίνουν πολύ γρήγορα και είναι σε θέση να εξαγάγουν πολύ οξυγόνο από τον αέρα. Αυτό τους επιτρέπει να είναι πολύ ενεργά ζώα, παρόλο που είναι μικρά.