Υπάρχουν δύο κύριοι τύποι βιολογικών μικροσκοπίων:τα σύνθετα μικροσκόπια και τα μικροσκόπια ανατομής. Τα σύνθετα μικροσκόπια χρησιμοποιούν δύο φακούς, έναν αντικειμενικό φακό και έναν προσοφθάλμιο φακό, για να μεγεθύνουν την εικόνα του αντικειμένου. Ο αντικειμενικός φακός βρίσκεται στο κάτω μέρος του μικροσκοπίου και εστιάζει το φως στο δείγμα. Ο φακός του προσοφθάλμιου φακού βρίσκεται στο επάνω μέρος του μικροσκοπίου και μεγεθύνει την εικόνα που παράγεται από τον αντικειμενικό φακό. Τα μικροσκόπια ανατομής έχουν μόνο έναν φακό, τον αντικειμενικό φακό, και χρησιμοποιούνται για την προβολή μεγαλύτερων δειγμάτων που δεν απαιτούν τόση μεγέθυνση.
Τα βιολογικά μικροσκόπια μπορούν να εξοπλιστούν με μια ποικιλία αξεσουάρ, όπως πηγές φωτός, φίλτρα και στάδια. Οι πηγές φωτός παρέχουν το φωτισμό για το δείγμα. Τα φίλτρα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την αλλαγή του χρώματος ή της έντασης του φωτός. Τα στάδια χρησιμοποιούνται για τη συγκράτηση του δείγματος στη θέση του.
Τα βιολογικά μικροσκόπια είναι απαραίτητα εργαλεία για τη μελέτη του μικροσκοπικού κόσμου. Επιτρέπουν στους ερευνητές να παρατηρούν και να αναλύουν κύτταρα, ιστούς και μικροοργανισμούς λεπτομερώς.