Οι φαλακρές αετοί έχουν μια πλούσια κοινότητα μικροβιοτείας του εντέρου που βοηθά το πουλί να αφομοιώσει το φαγητό του. Τα μικροβιακά έντερα είναι μικροοργανισμοί, όπως τα βακτήρια και οι μύκητες, που κατοικούν στο πεπτικό σύστημα του αετού. Βοηθούν στη διάσπαση σύνθετων ειδών διατροφής, όπως τα ψάρια και άλλα λεία, σε μικρότερα, πιο εύπεπτα εξαρτήματα. Ο Αετός, σε αντάλλαγμα, παρέχει ένα προστατευμένο περιβάλλον για να αναπτυχθεί και να αναπαραχθεί το μικροβιοτικό.
Commensalism με ectoparasites:
Οι φαλακρές αετοί είναι γνωστό ότι φιλοξενούν διάφορα είδη εκτοπαρασίτων, όπως ψείρες και ακάρεα. Αυτοί οι εκτοπαρασίτες κατοικούν στο σώμα του αετού και μπορούν να επωφεληθούν από τα θρεπτικά συστατικά που λαμβάνουν από τα φτερά ή το δέρμα του πουλιού. Ενώ η παρουσία εκτοπαρασιτικών μπορεί να προκαλέσει κάποια δυσφορία ή ερεθισμό στον αετό, ο αντίκτυπός τους στη συνολική υγεία και επιβίωση του πουλιού είναι συνήθως ελάχιστη.
Διαγωνισμός μεταξύ των άλλων αρπακτικών:
Οι φαλακρές αετοί ασχολούνται με τον διαγωνισμό μεταξύ των άλλων θηρευτών για πρόσβαση σε κοινούς πόρους, όπως τα τρόφιμα και το έδαφος. Για παράδειγμα, μπορούν να ανταγωνιστούν με άλλους αρπακτικούς, όπως οι χρυσοί αετοί, τα γεράκια με κόκκινα ουρά ή το ψωμί, για κυνήγι ή χώρους φωλιάσματος. Ενώ αυτός ο διαγωνισμός μπορεί να είναι έντονος σε ορισμένους τομείς, προωθεί επίσης τη βιοποικιλότητα εμποδίζοντας οποιοδήποτε ενιαίο θηρευτή να κυριαρχεί σε ένα συγκεκριμένο οικοσύστημα.