Symbiosis: Ορισμένα είδη νυχτερίδων έχουν εξελιχθεί για να πετάξουν στις φωλιές των κουκουβάγιων, εκμεταλλευόμενοι την προστασία της κουκουβάγιας από τους θηρευτές. Σε αντάλλαγμα, οι νυχτερίδες μπορεί να βοηθήσουν στη διατήρηση της φωλιάς της κουκουβάγιας χωρίς έντομα και παράσιτα. Μια τέτοια συμβιωτική σχέση μπορεί να είναι επωφελής και για τα δύο εμπλεκόμενα μέρη.
μετάδοση ασθένειας: Οι νυχτερίδες μπορούν να λειτουργήσουν ως δεξαμενές για διάφορα παθογόνα που μπορούν να προκαλέσουν ασθένεια σε ανθρώπους και ζώα. Οι κουκουβάγιες που θηλάζουν σε νυχτερίδες μπορεί να μολυνθούν από αυτές τις ασθένειες και ενδεχομένως να τις μεταδίδουν σε άλλα ζώα ή ακόμα και σε ανθρώπους. Για παράδειγμα, η μετάδοση της λύσσας μπορεί να συμβεί μέσω των δαγκωμάτων μολυσμένων νυχτερίδων ή κουκουβάγιων.
Διαγωνισμός για πόρους: Οι κουκουβάγιες και οι νυχτερίδες είναι και οι δύο θηρευτές που καταλαμβάνουν παρόμοιες οικολογικές θέσεις στο νυχτερινό οικοσύστημα. Ως εκ τούτου, μπορούν να ανταγωνίζονται για τους πόρους των τροφίμων, όπως τα έντομα και τα μικρά σπονδυλωτά. Αυτός ο ανταγωνισμός μπορεί να επηρεάσει τη δυναμική του πληθυσμού και τους οικολογικούς ρόλους στο περιβάλλον.