Τα πουλιά ανήκουν στην κατηγορία Aves , που χαρακτηρίζεται από φτερά, ράμφη και φτερά, ενώ οι νυχτερίδες ανήκουν στην τάξη των Chiroptera, στην κατηγορία Mammalia . Οι νυχτερίδες είναι τα μόνα θηλαστικά με τροφοδοσία.
Οι νυχτερίδες και τα πουλιά έχουν κοινό πρόγονο , που ονομάζεται Συναψίδα, που υπήρχε πριν από περίπου 300 εκατομμύρια χρόνια. Από αυτόν τον κοινό πρόγονο, αποκλίνονταν δύο κλάδοι:τα συναψίδια, τα οποία εξελίχθηκαν σε θηλαστικά και τα σαυροψίδια, που προκάλεσαν τα ερπετά και τα πουλιά.
Αν και μπορεί να είχαν κοινό πρόγονο, οι νυχτερίδες και τα πουλιά έχουν σημαντικές διαφορές στην ανατομία, τη φυσιολογία και τη συμπεριφορά τους για εκατομμύρια χρόνια.