Εκτός από τα ψάρια, οι φαλακρές αετοί τρώνε επίσης μια ποικιλία από άλλα ζώα, συμπεριλαμβανομένων των υδρόβιων πτηνών, των μικρών θηλαστικών και του καρότου (νεκρά ζώα). Μερικά από τα άλλα θηράματα που είναι φαλακροί αετοί που είναι γνωστό ότι τρώνε περιλαμβάνουν κουνέλια, σκίουρους, ρακούν, θαλάσσια πτηνά και ακόμη και ελάφια.
Οι φαλακροί αετοί είναι ευκαιριακοί θηρευτές, πράγμα που σημαίνει ότι θα πάρουν ό, τι είναι διαθέσιμο θήραμα. Ωστόσο, έχουν προτίμηση για ορισμένους τύπους τροφίμων. Για παράδειγμα, οι φαλακρές αετοί είναι γνωστό ότι ταξιδεύουν σε μεγάλες αποστάσεις για να τρέφονται με διαδρομές σολομού.
Οι πηγές τροφίμων των φαλακρών αετών ποικίλλουν ανάλογα με τη γεωγραφική τους θέση. Σε ορισμένες περιοχές, οι φαλακρές αετοί μπορούν να βασίζονται κυρίως στα ψάρια, ενώ σε άλλες περιοχές μπορούν να τρώνε περισσότερο από μια ποικιλία θηραμάτων. Η διατροφή των φαλακρών αετών αλλάζει επίσης με τις εποχές. Για παράδειγμα, κατά τους χειμερινούς μήνες, όταν τα ψάρια είναι λιγότερο άφθονα, οι φαλακρές αετοί μπορεί να τρώνε περισσότερο καρφί και μικρά θηλαστικά.