Στους φαλακρούς αετούς, τα πρωταρχικά όργανα εκκρίματος είναι τα νεφρά. Οι νεφροί διαδραματίζουν ζωτικό ρόλο στο φιλτράρισμα των αποβλήτων ουσιών, όπως η ουρία και η κρεατινίνη, από την κυκλοφορία του αίματος. Αυτά τα απόβλητα μεταφέρονται στη συνέχεια στο Cloaca, το οποίο είναι ένα κοινό θάλαμο για τα πεπτικά, τα ουροποιητικά και αναπαραγωγικά συστήματα. Από το cloaca, τα απόβλητα εξαλείφονται από το σώμα με τη μορφή ούρων.
Εκτός από τους νεφρούς, το ήπαρ διαδραματίζει επίσης σημαντικό ρόλο στην αποτοξίνωση και την εξάλειψη των μεταβολικών αποβλήτων στους φαλακρούς αετούς. Το ήπαρ μετατρέπει τις τοξικές ουσίες σε λιγότερο επιβλαβείς μορφές, οι οποίες στη συνέχεια μπορούν να εκκριθούν αποτελεσματικότερα. Το ήπαρ παίζει επίσης ρόλο στην παραγωγή χολής, η οποία βοηθά στην πέψη των λιπών και στην εξάλειψη των αποβλήτων μέσω των περιττωμάτων.