1. Η νυχτερίδα της Ιντιάνα (Myotis Sodalis):Το νυχτερίδα της Ιντιάνα είναι ένα μικρό καφέ ρόπαλο που είναι ομοσπονδιακά απαριθμούμενο ως απειλούμενο. Κατοικεί σπηλιές και δασικές περιοχές μέσα στο πάρκο. Λόγω της απώλειας των οικοτόπων και του συνδρόμου λευκής μύτης, μια θανατηφόρα μυκητιακή ασθένεια που επηρεάζει τις νυχτερίδες αδρανοποίησης, ο πληθυσμός της νυχτερίδας της Ιντιάνα έχει μειωθεί σημαντικά.
2. Gray Wolf (Canis Lupus):Ο γκρίζος λύκος ήταν ιστορικά παρών στην περιοχή των μεγάλων καπνιστών βουνών, αλλά εξαλείφθηκε από τις αρχές του 20ού αιώνα λόγω του κυνηγιού και της δίωξης. Καταβάλλονται προσπάθειες για την επανεισαγωγή του Γκρίζου Λύκου στο πάρκο, με πιθανά οφέλη για την αποκατάσταση του οικοσυστήματος και τη δυναμική του Predator-Prey.
3. Elk (Cervus canadensis):Ο Elk ήταν κάποτε άφθονος στα μεγάλα καπνιστά βουνά, αλλά αντιμετώπισε τον πληθυσμό να μειώνεται λόγω της υπερηφάνειας. Επαναλήφθηκαν στο πάρκο το 2001 και από τότε έχουν δημιουργήσει ένα μικρό αλλά αυξανόμενο πληθυσμό. Το Elk θεωρείται ένα είδος βασικού στοιχείου, καθώς η συμπεριφορά βόσκησης επηρεάζει τις κοινότητες των φυτών και παρέχει οικοτόπους για άλλες άγριας ζωής.
4 Βιρτζίνια Βόρεια πτητική σκίουρος (Glaucomys Sabrinus fuscus):Αυτό το υποείδος του βόρειου ιπτάμενου σκίουρου είναι ενδημική στα νότια Appalachian βουνά, συμπεριλαμβανομένων των μεγάλων καπνιστών βουνών. Είναι ομοσπονδιακά απειλείται λόγω παραγόντων όπως η απώλεια οικοτόπων και ο κατακερματισμός. Οι προσπάθειες διατήρησης επικεντρώνονται στην προστασία των εναπομείναντων οικοτόπων και στην αντιμετώπιση των απειλών.
5. Appalachian Trail Pupfish (Cyprinodon vernalis):Το Appalachian Trail Pupfish είναι ένα μικρό ψάρι που βρίσκεται σε απομονωμένα ορεινά ρεύματα μέσα στο πάρκο. Αναφέρεται ως απειλείται λόγω της περιορισμένης εμβέλειας και της ευπάθειας της στην υποβάθμιση των οικοτόπων και την αλλαγή του κλίματος.
Η προστασία και η διατήρηση των ειδών που απειλούνται με εξαφάνιση είναι μια ζωτικής σημασίας πτυχή της αποστολής του Εθνικού Πάρκου του Μεγάλου Καπνιού για τη διατήρηση της πλούσιας βιοποικιλότητας του. Διάφορα μέτρα διατήρησης, συμπεριλαμβανομένης της διαχείρισης οικοτόπων, των προγραμμάτων παρακολούθησης και των εκπαιδευτικών πρωτοβουλιών, εφαρμόζονται για να εξασφαλιστεί η επιβίωση αυτών των ευάλωτων ειδών.