Κυνήγι και παγίδευση: Οι πυγμαίοι χοίροι κυνηγούνται για το κρέας και το δέρμα τους. Αιχμαλωτίζονται επίσης για το εμπόριο κατοικίδιων ζώων, καθώς θεωρούνται εξωτικά ζώα. Το κυνήγι και η παγίδευση συμβάλλουν περαιτέρω στη μείωση του πληθυσμού τους.
Διαγωνισμός με οικόσιτα ζώα: Σε περιοχές όπου οι Πυγμαίοι χοίροι ζουν σε κοντινή απόσταση από τον άνθρωπο και τα ζώα τους, αντιμετωπίζουν ανταγωνισμό για τροφή και πόρους. Τα οικόσιτα ζώα μπορούν επίσης να φέρουν ασθένειες που μπορεί να είναι θανατηφόρες για τους Πυγμαίους χοίρους.
Inbreeding και γενετική ποικιλότητα: Λόγω του μικρού πληθυσμού τους και του κατακερματισμού τους, οι Πυγμαίοι χοίροι διατρέχουν κίνδυνο ενδογαμίας. Η ενδογαμία μπορεί να οδηγήσει σε προβλήματα υγείας και μειωμένη γενετική ποικιλότητα, καθιστώντας τον πληθυσμό πιο ευάλωτο σε ασθένειες και περιβαλλοντικές αλλαγές.
Προσπάθειες διατήρησης: Οργανώσεις διατήρησης και κυβερνητικές υπηρεσίες εργάζονται για την προστασία του Πυγμαίου γουρουνιού και του βιότοπού του. Αυτό περιλαμβάνει τη δημιουργία προστατευόμενων περιοχών, την εφαρμογή μέτρων κατά της λαθροθηρίας και την ευαισθητοποίηση σχετικά με τη σημασία της διατήρησης αυτού του μοναδικού είδους.