Οι αυτοκρατορικοί πιγκουίνοι κατασκευάζουν τις φωλιές τους με τη μορφή «κουμπωμάτων», οι οποίες είναι γεμάτες ομάδες ατόμων που μαζεύονται μαζί για ζεστασιά και προστασία από τις ακραίες καιρικές συνθήκες της Ανταρκτικής. Αυτά τα κουβάρια μπορεί να ποικίλουν σε μέγεθος από μερικές δεκάδες έως αρκετές χιλιάδες πιγκουίνους.
Μέσα στα κουβάρια, οι αυτοκρατορικοί πιγκουίνοι δημιουργούν μεμονωμένες φωλιές χρησιμοποιώντας χιόνι και πάγο. Ξύνουν ένα ρηχό βαθούλωμα στο χιόνι και το στρώνουν με φτερά, σχηματίζοντας μια ωμή αλλά αποτελεσματική φωλιά για να κρατούν τα αυγά τους. Οι φωλιές έχουν συνήθως διάμετρο 10 έως 12 ίντσες και βάθος μόλις μερικές ίντσες.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι οι αυτοκρατορικοί πιγκουίνοι είναι τα μόνα είδη πιγκουίνων που γεννούν τα αυγά τους κατά τη διάρκεια του χειμώνα. Τα περισσότερα άλλα είδη πιγκουίνων αναπαράγονται κατά τους θερμότερους καλοκαιρινούς μήνες.