Ωστόσο, υπάρχουν μερικές εξαιρέσεις:
* Μικροί καρχαρίες και ψάρια :Οι νέοι ή οι μικρότεροι καρχαρίες φαλαινών μπορεί να είναι ευάλωτοι σε επίθεση από μεγαλύτερους καρχαρίες, ειδικά όταν εξακολουθούν να αναπτύσσονται.
* orcas (φάλαινες δολοφόνων) :Ενώ δεν είναι συχνό φαινόμενο, οι Orcas είναι γνωστό ότι θηλάζουν τους καρχαρίες φαλαινών. Είναι εξαιρετικά έξυπνοι και ικανοί να κυνηγούν μεγάλο θήραμα.
* Άνθρωποι :Δυστυχώς, οι άνθρωποι αποτελούν σημαντική απειλή για τους καρχαρίες φάλαινων μέσω αλιευτικών πρακτικών όπως τυχαία παρεμπίπτου και στοχευμένη αλιεία.
Είναι σημαντικό να θυμάστε ότι οι καρχαρίες φαλαινών δεν είναι συνήθως κυνηγημένοι από άλλα ζώα λόγω του τεράστιου μεγέθους και των αμυντικών μηχανισμών τους. Είναι πιο πιθανό να αντιμετωπίσουν απειλές από ανθρώπους παρά από άλλα ζώα.