Ωστόσο, υπάρχουν δύο υποείδη:
* Hippopotamus amphibius amphibius: Αυτό είναι το υποείδος των υποψηφίων και βρίσκεται σε όλο το μεγαλύτερο μέρος της περιοχής του ιππού στην υποσαχάρια Αφρική.
* Hippopotamus amphibius kiboko: Αυτό το υποείδος βρίσκεται στα δυτικά της σειράς των ειδών, κυρίως στη Δυτική Αφρική.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι αυτά τα δύο υποείδη είναι πολύ παρόμοια και οι διαφορές μεταξύ τους είναι λεπτές. Κάποιοι υποστηρίζουν ότι δεν είναι καθόλου ξεχωριστά υποείδη, αλλά μάλλον πληθυσμοί σε ένα μόνο είδος.
Υπάρχει επίσης ένας ιπποπόταμος (Choeropsis liberiensis) , το οποίο είναι ένα ξεχωριστό είδος εξ ολοκλήρου και πολύ μικρότερο από τον κοινό ιπποπόταμο. Βρίσκονται στα δάση της Λιβερίας και της Σιέρα Λεόνε.
Έτσι, ενώ υπάρχουν διαφορετικοί πληθυσμοί και υποείδη των ιππότων, υπάρχει μόνο ένα αληθινό είδος ιπποπόταμου: hippopotamus amphibius.