Ο πυγμαίος ιππόκαμπος έχει στο δέρμα του ένα στρώμα εξειδικευμένων κυττάρων που ονομάζονται χρωματοφόρα. Τα χρωματοφόρα περιέχουν κόκκους χρωστικής που μπορούν να διασκορπιστούν ή να συγκεντρωθούν για να αλλάξουν το χρώμα του δέρματος. Ο ιππόκαμπος έχει επίσης ένα δίκτυο μικροσκοπικών μυών που μπορούν να ελέγξουν την κίνηση των χρωματοφόρων. Αυτό επιτρέπει στον ιππόκαμπο να αλλάξει γρήγορα το χρώμα του για να ταιριάζει με τα γύρω κοράλλια.
Εκτός από την αλλαγή χρώματος, ο πυγμαίος ιππόκαμπος μπορεί να αλλάξει και την υφή του δέρματός του. Αυτό επιτυγχάνεται από έναν δεύτερο τύπο εξειδικευμένου κυττάρου που ονομάζεται δερματικές θηλές. Οι δερματικές θηλές είναι μικρές, σαρκώδεις προεξοχές που μπορούν να ανυψωθούν ή να χαμηλώσουν για να αλλάξουν την υφή του δέρματος. Ο πυγμαίος ιππόκαμπος χρησιμοποιεί αυτή την προσαρμογή για να ταιριάζει με την υφή των κοραλλιών γύρω του, γεγονός που καθιστά ακόμη πιο δύσκολο τον εντοπισμό των αρπακτικών.
Η ικανότητα του πυγμαίου ιππόκαμπου να καμουφλάρεται είναι απαραίτητη για την επιβίωσή του. Τους επιτρέπει να συνδυάζονται με το περιβάλλον τους και να αποφεύγουν να τρώνε από αρπακτικά. Είναι επίσης χρήσιμο όταν κυνηγούν θήραμα, καθώς μπορούν να χρησιμοποιήσουν το καμουφλάζ τους για να στήσουν ενέδρα στο θήραμά τους.