Η επίσημη αιτία θανάτου ήταν πνευμονία , η οποία πιθανότατα προκλήθηκε από ένα συνδυασμό παραγόντων:
* Εμβολιασμένο ανοσοποιητικό σύστημα: Ο Keiko είχε ιστορικό προβλημάτων υγείας, συμπεριλαμβανομένων των παρασίτων και των βακτηριακών λοιμώξεων, πιθανότατα λόγω των ετών του σε αιχμαλωσία και το άγχος της ζωής σε ένα ελεγχόμενο περιβάλλον.
* Έκθεση σε κρύο νερό: Ενώ έζησε σε φυσικό κόλπο στην Ισλανδία στα επόμενα χρόνια του, ο Keiko έζησε ακόμα θερμοκρασίες κρύου νερού, οι οποίες θα μπορούσαν να αποδυναμώσουν το ανοσοποιητικό του σύστημα.
* Υποκείμενες συνθήκες: Ενώ η πνευμονία ήταν η άμεση αιτία θανάτου, τα υποκείμενα θέματα υγείας μπορεί να συνέβαλαν στην εξασθενημένη κατάσταση και την ευπάθεια του.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι ο θάνατος του Keiko προκάλεσε μια συζήτηση για την ηθική της διατήρησης των orcas σε αιχμαλωσία. Ενώ η ιστορία του έφερε επίγνωση της δυσκολίας των αιχμαλωτισμένων orcas, η απόφαση να τον επιστρέψει στην άγρια φύση ήταν πολύπλοκη και τελικά ανεπιτυχής.