Ο Μεγαλόδων δεν «σχηματίστηκε» με την έννοια ότι δημιουργήθηκε τεχνητά. Ήταν ένα φυσικά εξελιγμένο είδος καρχαρία που αναπτύχθηκε και ευδοκίμησε κατά τη διάρκεια της εποχής του. Όπως όλα τα άλλα είδη, η ύπαρξη και τα χαρακτηριστικά του Μεγαλόδωνα διαμορφώθηκαν μέσω των διαδικασιών φυσικής επιλογής και προσαρμογής στο περιβάλλον του για εκατομμύρια χρόνια.
Το Megalodon εξελίχθηκε από μικρότερους προγόνους του γένους Otodus. Με την πάροδο του χρόνου, ορισμένα είδη αυτής της γενεαλογίας παρουσίασαν πλεονεκτικές γενετικές μεταλλάξεις που τους επέτρεψαν να μεγαλώσουν σε μέγεθος και να αναπτύξουν ισχυρότερες γνάθους και δόντια, με αποτέλεσμα την εμφάνιση του Megalodon. Η διαθεσιμότητα άφθονων θηραμάτων και οι περιβαλλοντικές συνθήκες κατά τη διάρκεια των εποχών του Μειόκαινου και του Πλειόκαινου συνέβαλαν επίσης στην επιτυχία και κυριαρχία του Μεγαλόδωνα στο οικοσύστημά του.