Ρύπανση: Η ρύπανση, συμπεριλαμβανομένων των πετρελαιοκηλίδων, της απόρριψης από λύματα, όμβριων υδάτων και γεωργικών απορροών, μπορεί να πνίξει τους κοραλλιογενείς υφάλους, εμποδίζοντας το ηλιακό φως και εμποδίζοντας την ανάπτυξη των κοραλλιών. Οι χημικές ουσίες μπορούν να δηλητηριάσουν τη θαλάσσια ζωή και μπορεί να έχουν αρνητικό αντίκτυπο στην ανάπτυξη των κοραλλιών και στην αναπαραγωγική επιτυχία των ψαριών. Η απορροή από λιπάσματα και φυτοφάρμακα που χρησιμοποιούνται στη γεωργία μπορεί να οδηγήσει σε άνθηση φυκιών που πνίγουν κοραλλιογενείς υφάλους και ανισορροπούν το οικοσύστημα της τροφικής αλυσίδας.
Κλιματική αλλαγή: Η αύξηση της θερμοκρασίας των ωκεανών λόγω της υπερθέρμανσης του πλανήτη μπορεί να λευκάνει και να σκοτώσει τα κοράλλια, ενώ τα ακραία καιρικά φαινόμενα, όπως οι τυφώνες και οι τυφώνες, μπορούν να καταστρέψουν τους κοραλλιογενείς υφάλους. Η οξίνιση, η οποία είναι η μείωση του επιπέδου του pH στον ωκεανό λόγω της απορρόφησης του διοξειδίου του άνθρακα, αποτελεί επίσης απειλή για τους κοραλλιογενείς υφάλους. Η οξίνιση των ωκεανών δυσκολεύει τα κοράλλια να χτίσουν και να διατηρήσουν τους σκελετούς τους, γεγονός που μπορεί να οδηγήσει στην κατάρρευση των κοραλλιογενών υφάλων.
Υπεραλίευση μπορεί να διαταράξει την τροφική αλυσίδα και να μειώσει τον αριθμό των αρπακτικών που ελέγχουν τον πληθυσμό των φυτοφάγων. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε αύξηση του αριθμού των φυτοφάγων, τα οποία μπορούν να βλάψουν τον ύφαλο βόσκοντας σε κοράλλια. Η υπεραλίευση μπορεί επίσης να οδηγήσει στην άμεση σύλληψη βατραχοψαρίων ως πηγή τροφής.
Παράλληλα αλιεύματα: Τα βατράχια μπορεί να πιαστούν ακούσια σε δίχτυα ψαρέματος και μηχανότρατες, γεγονός που μπορεί να οδηγήσει στον θάνατό τους.
Τουρισμός: Ο ανεξέλεγκτος τουρισμός μπορεί να οδηγήσει στην καταπάτηση των κοραλλιογενών υφάλων και στην καταστροφή των βιότοπων βατραχοψαρίων. Οι δύτες και οι αναπνευστήρες μπορούν επίσης να ρίξουν άγκυρες σε κοραλλιογενείς υφάλους, κάτι που μπορεί να τους βλάψει.