1. Απώλεια πάγου θαλάσσιου πάγου: Οι πιγκουίνοι αυτοκράτορα βασίζονται σε σταθερό θαλάσσιο πάγο για αναπαραγωγή και εκτροφή των νεοσσών τους. Καθώς αυξάνονται οι παγκόσμιες θερμοκρασίες, ο θαλάσσιος πάγος αναμένεται να μειωθεί, ιδιαίτερα στις περιοχές της Ανταρκτικής. Μελέτες δείχνουν ότι η μείωση της έκτασης και της διάρκειας του θαλάσσιου πάγου μπορεί να θέσει σε κίνδυνο τις αποικίες πιγκουίνου.
2. Αποικία πλημμύρες και απώλεια φωλιάς: Η τήξη του θαλάσσιου πάγου μπορεί να οδηγήσει σε παράκτιες πλημμύρες, επηρεάζοντας άμεσα τις αποικίες του αυτοκράτορα πιγκουίνου. Η αύξηση των επιπέδων της θάλασσας μπορεί να βυθίσει τους χώρους φωλεοποίησης και να καταστρέψει αυγά ή νεοσσοί, με αποτέλεσμα τη μειωμένη επιτυχία αναπαραγωγής και την εγκατάλειψη αποικιών.
3. Διαθεσιμότητα τροφίμων: Οι πιγκουίνοι των αυτοκράτορα τροφοδοτούν κυρίως τα ψάρια, τα κριλ και άλλους θαλάσσιους οργανισμούς που κατοικούν σε οικοσυστήματα πάγου θαλάσσιου πάγου. Η αλλαγή του κλίματος μπορεί να μεταβάλει τη διανομή και την αφθονία αυτών των ειδών θηραμάτων, επηρεάζοντας την προμήθεια τροφίμων των πιγκουίνων και την ικανότητά τους να διατηρούν τον πληθυσμό τους.
4. Επιβίωση κοτόπουλου: Οι ισχυροί άνεμοι και οι καταιγίδες που σχετίζονται με την αλλαγή του κλίματος μπορούν να οδηγήσουν σε αυξημένη θνησιμότητα μεταξύ των νεοσσών των αυτοκράτορων. Η έκθεση σε σκληρές καιρικές συνθήκες μπορεί να επηρεάσει την επιβίωσή τους και να συμβάλει στην μείωση του πληθυσμού.
5. Μετατοπίσεις εύρους: Οι πιγκουίνοι των αυτοκράτορα περιορίζονται επί του παρόντος σε συγκεκριμένες θέσεις αναπαραγωγής λόγω της εξάρτησης από τον πάγο της θάλασσας. Καθώς μειώνεται ο θαλάσσιος πάγος, οι πιγκουίνοι μπορεί να αναγκαστούν να μετακομίσουν σε εναλλακτικά ενδιαιτήματα, ενδεχομένως να τους φέρουν σε σύγκρουση με άλλα είδη και να αντιμετωπίζουν διαφορετικές οικολογικές προκλήσεις.
Σύμφωνα με διάφορες επιστημονικές μελέτες, η μείωση του πληθυσμού των πιγκουίνων του αυτοκράτορα μέχρι το έτος 2100 θα μπορούσε να είναι σημαντική, που κυμαίνονται από μέτριες μειώσεις περίπου 20-30% έως πιο σοβαρές μειώσεις έως και 50-70%. Η έκταση της παρακμής του πληθυσμού θα εξαρτηθεί από τη σοβαρότητα και τον ρυθμό της κλιματικής αλλαγής και την επιτυχία των προσπαθειών διατήρησης για να μετριάσουν τις επιπτώσεις του στους οικοτόπους του αυτοκράτορα.