Η θεωρία της εξέλιξης είχε βαθιές επιπτώσεις στον τρόπο με τον οποίο τα είδη ταξινομούνται. Πριν από την έλευση της εξελικτικής θεωρίας, τα είδη ταξινομήθηκαν με βάση τις φυσικές τους ομοιότητες, με ελάχιστη σχέση με τις εξελικτικές σχέσεις τους. Ωστόσο, η εξελικτική θεωρία εισήγαγε την έννοια της κοινής καταγωγής, η οποία δηλώνει ότι όλοι οι ζωντανοί οργανισμοί προέρχονται από έναν κοινό πρόγονο. Αυτό οδήγησε στην ανάπτυξη της φυλογενετικής ταξινόμησης, η οποία ομαδοποιεί τα είδη που βασίζονται στις εξελικτικές σχέσεις τους, και όχι στις φυσικές ομοιότητες τους.