Γενετική ποικιλότητα: Η κλωνοποίηση παράγει γενετικά πανομοιότυπα άτομα. Η έλλειψη γενετικής ποικιλότητας μπορεί να κάνει τον πληθυσμό πιο ευάλωτο σε ασθένειες, περιβαλλοντικές αλλαγές και άλλες απειλές.
Συμπεριφορικές και οικολογικές επιπτώσεις: Τα κλωνοποιημένα ζώα μπορεί να στερούνται φυσικών συμπεριφορών, κοινωνικών δομών και οικολογικών αλληλεπιδράσεων που αναπτύχθηκαν μέσω γενεών εξέλιξης. Αυτό μπορεί να διαταράξει τη δυναμική του οικοσυστήματος.
Ανταγωνισμός και χρήση πόρων: Η εισαγωγή κλωνοποιημένων ατόμων μπορεί να αυξήσει τον ανταγωνισμό για πόρους όπως τροφή, βιότοπος και συντρόφους, επηρεάζοντας άλλα είδη.
Μετάδοση ασθένειας: Τα κλωνοποιημένα ζώα μπορεί να φέρουν ασθένειες ή γενετικά ελαττώματα που θα μπορούσαν να εξαπλωθούν σε άγριους πληθυσμούς.
Καταλληλότητα ενδιαιτημάτων: Τα κλωνοποιημένα ζώα μπορεί να μην είναι καλά προσαρμοσμένα στις ειδικές συνθήκες των φυσικών ενδιαιτημάτων τους, με αποτέλεσμα να έχουν χαμηλά ποσοστά επιβίωσης.
Λειτουργία οικοσυστήματος: Η απουσία οικολογικής συνεισφοράς των κλωνοποιημένων ζώων, όπως η επικονίαση, η διασπορά των σπόρων ή η θήρευση, μπορεί να αλλάξει τη λειτουργία του οικοσυστήματος.
Έλλειψη φυσικής επιλογής: Η κλωνοποίηση παρακάμπτει τη φυσική επιλογή, η οποία εξαλείφει τα λιγότερο προσαρμοσμένα άτομα. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε έναν πληθυσμό που δεν είναι κατάλληλος για το περιβάλλον.
Απρόβλεπτες μακροπρόθεσμες επιπτώσεις: Οι μακροπρόθεσμες οικολογικές συνέπειες της κλωνοποίησης και της εισαγωγής γενετικά πανομοιότυπων ζώων σε ένα οικοσύστημα δεν είναι πλήρως κατανοητές.
Επομένως, ενώ η κλωνοποίηση απειλούμενων ειδών μπορεί να φαίνεται ως ένα πολλά υποσχόμενο εργαλείο διατήρησης, θα πρέπει να προσεγγίζεται με προσοχή και απαιτείται ενδελεχής έρευνα για την αξιολόγηση των πιθανών κινδύνων και επιπτώσεων στα οικοσυστήματα.