Σε γενικές γραμμές, οι νυχτερίδες φρούτων εμφανίζουν πολυγύνη, όπου τα αρσενικά ζευγαρώνουν με πολλαπλά θηλυκά. Τα θηλυκά γεννούν ένα μόνο κουτάβι μετά από μια περίοδο κύησης που διαρκεί συνήθως αρκετούς μήνες. Τα κουτάβια γεννιούνται με τα μάτια κλειστά και εξαρτώνται από τη μητέρα τους για φαγητό και φροντίδα. Μαθαίνουν να πετούν και να ζωντανεύουν μόνοι τους μέσα σε λίγους μήνες και να φτάσουν σε σεξουαλική ωριμότητα σε ηλικία περίπου ενός έτους.
Ορισμένα είδη νυχτερίδων φρούτων, όπως το νυχτερίδα φρούτων με άχυρο φρούτων (Eidolon helvum), παρουσιάζουν συγχρονισμένη αναπαραγωγή, στην οποία γεννούν ταυτόχρονα μεγάλος αριθμός ατόμων. Αυτό θεωρείται ότι είναι μια προσαρμογή για να μειωθεί ο κίνδυνος θήρευσης σε έγκυες γυναίκες και νεαρά κουτάβια.