Ο σημαντικότερος παράγοντας που συμβάλλει στην απειλή του Μεξικού λύκου είναι η απώλεια οικοτόπων. Αυτό οφείλεται σε μεγάλο βαθμό στη μετατροπή των φυσικών οικοτόπων σε γεωργικές και αστικές περιοχές. Ως αποτέλεσμα, οι Μεξικανοί λύκοι έχουν χάσει πρόσβαση στη φυσική τους βάση θηραμάτων και στις κατάλληλες τοποθεσίες denning.
2. Κυνήγι και παγίδευση
Ιστορικά, οι Μεξικανοί λύκοι κυνηγούσαν και παγιδεύτηκαν για τη γούνα τους και ως μέσο ελέγχου των αρπακτικών. Αυτή η αδιάκριτη δολοφονία των λύκων μείωσε περαιτέρω τους πληθυσμούς τους.
3. υβριδισμός
Οι Μεξικανοί λύκοι είναι στενά συνδεδεμένοι με τα κογιότ και η διασταύρωση μεταξύ των δύο ειδών έχει τεκμηριωθεί. Η υβριδοποίηση μπορεί να οδηγήσει στην αραίωση της γενετικής ακεραιότητας του Μεξικού Wolf και στην απώλεια μοναδικών προσαρμογών που είναι απαραίτητες για την επιβίωση στο φυσικό τους περιβάλλον.