κυνήγι και λαθροθηρία: Το ελάφι των Φιλιππίνων κυνηγάται για το κρέας, το δέρμα και τα κέρατα. Το κυνήγι των ελαφιών είναι ένα δημοφιλές χόμπι στις Φιλιππίνες και η επιβολή των κανονισμών κυνηγιού είναι αδύναμη. Η λαθροθηρία είναι επίσης ένα σημαντικό πρόβλημα, καθώς τα ελάφια συχνά σκοτώνονται προς πώληση στις τοπικές αγορές.
ασθένεια: Τα ελάφια των Φιλιππίνων είναι επίσης ευαίσθητα σε μια ποικιλία ασθενειών, τόσο εισάγονται όσο και ενδημικά. Μία από τις πιο σοβαρές απειλές είναι η ασθένεια με το στόμα, η οποία μπορεί να προκαλέσει σοβαρή ασθένεια και ακόμη και θάνατο στα ελάφια.
Ανταγωνισμός με άλλα είδη: Τα ελάφια των Φιλιππίνων αντιμετωπίζουν επίσης τον ανταγωνισμό για τρόφιμα και πόρους από άλλα είδη, συμπεριλαμβανομένων των εισαγωγικών ειδών ελάφια όπως το ελάφι Rusa και το ελάφι Sika. Αυτά τα εισαγόμενα είδη μπορούν να ξεπεράσουν τα ελάφια των Φιλιππίνων για τρόφιμα και οικοτόπους και μπορούν επίσης να μεταδώσουν ασθένειες.
Το ελάφι των Φιλιππίνων είναι ένα απειλούμενο είδος και ο πληθυσμός του μειώνεται ταχέως. Εκτός από τη λήψη αποτελεσματικών μέτρων διατήρησης, είναι πιθανό να εξαφανιστεί στην άγρια φύση.