1. Απώλεια οικοτόπων: Η ανάπτυξη των παράκτιων περιοχών, η αστικοποίηση και η επέκταση των ανθρώπινων δραστηριοτήτων έχουν μειώσει ταχέως και κατακερματιστεί τα φυσικά ενδιαιτήματα των σφραγίδων των μεσογειακών μοναχών. Αυτές οι σφραγίδες απαιτούν ανενόχλητες παράκτιες περιοχές με σπηλιές και βραχώδεις ακτές για αναπαραγωγή και ανάπαυση, οι οποίες έχουν επηρεαστεί σοβαρά από τις ανθρώπινες δραστηριότητες.
2. Κυνήγι και άμεση δολοφονία: Οι μεσογειακές σφραγίδες μοναχών έχουν ιστορικά κυνηγηθεί για τη γούνα, το φουσκωτό και το κρέας τους, οδηγώντας σε σοβαρή μείωση του πληθυσμού. Αν και το κυνήγι είναι πλέον παράνομο στις περισσότερες χώρες, εξακολουθούν να εμφανίζονται παράνομες δολοφονίες, ιδιαίτερα σε απομακρυσμένες περιοχές.
3. bycatch: Η τυχαία σύλληψη στα αλιευτικά εργαλεία, γνωστή ως παρεμπίπτοια, αποτελεί σημαντική απειλή για τις μεσογειακές σφραγίδες μοναχών. Αυτές οι σφραγίδες μπορούν να εμπλακούν σε δίχτυα αλιείας, παγίδες και γραμμές, με αποτέλεσμα τραυματισμό ή θάνατο. Το παρελθόν είναι ιδιαίτερα συνηθισμένο σε περιοχές με μη ρυθμιζόμενη ή κακώς διαχειριζόμενη αλιεία.
4. Ρύπανση: Η Μεσογειακή Θάλασσα είναι έντονα μολυσμένη λόγω βιομηχανικών αποβλήτων, εκκένωσης λυμάτων και πετρελαϊκών διαρροών. Οι ρύποι όπως τα βαρέα μέταλλα, τα χημικά και τα πλαστικά μπορούν να βλάψουν τις μεσογειακές σφραγίδες μοναχών απευθείας προκαλώντας προβλήματα υγείας ή έμμεσα επηρεάζοντας το βιότοπό τους και το θήραμά τους.
5. Αλλαγή κλίματος: Το μεταβαλλόμενο κλίμα συμβάλλει επίσης στη μείωση των σφραγίδων των μεσογειακών μοναχών. Η αύξηση των επιπέδων της θάλασσας και τα μεταβαλλόμενα πρότυπα καιρού επηρεάζουν τα ενδιαιτήματα των σφραγίδων, ενώ αυξάνοντας τις θερμοκρασίες του νερού μπορούν να διαταράξουν τους κύκλους αναπαραγωγής τους και να επηρεάσουν τα είδη θηραμάτων τους.
6. Έλλειψη γενετικής ποικιλομορφίας: Ο πληθυσμός της Μεσογείου Monk Seal είναι μικρός και κατακερματισμένος, οδηγώντας σε έλλειψη γενετικής ποικιλομορφίας. Αυτό καθιστά το είδος λιγότερο ανθεκτικό στις περιβαλλοντικές αλλαγές, τις ασθένειες και άλλες απειλές, αυξάνοντας την ευπάθεια τους στην εξαφάνιση.
Καταβάλλονται προσπάθειες για την προστασία των μεσογειακών μοναχικών σφραγίδων μέσω μέτρων διατήρησης, όπως η δημιουργία θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών, των κανονισμών για τις αλιευτικές πρακτικές και των εκστρατειών ευαισθητοποίησης του κοινού. Ωστόσο, λόγω των διαφόρων παραγόντων που συμβάλλουν στην απειλή τους, η ανάκτηση του πληθυσμού της Μεσογείου Μοναχών παραμένει μια σημαντική πρόκληση.