* Απώλεια οικοτόπων: Η καταστροφή του μικρού μπλε πιγκουίνου είναι μια σημαντική απειλή για το είδος. Αυτό μπορεί να προκληθεί από διάφορους παράγοντες, συμπεριλαμβανομένης της παράκτιας ανάπτυξης, της ρύπανσης και της αλλαγής του κλίματος.
* ασθένεια: Οι μικρές μπλε πιγκουίνοι είναι ευαίσθητοι σε διάφορες ασθένειες, συμπεριλαμβανομένης της χολέρας πτηνών, της ασπεργίλλωσης και της κοκκιδίωσης.
* Ανθρώπινη παρεμβολή: Μικρές μπλε πιγκουίνοι μπορούν να διαταραχθούν από ανθρώπινες δραστηριότητες, όπως βαρκάδα, ψάρεμα και κολύμπι. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε άγχος, τραυματισμό και ακόμη και θάνατο.