1. Απώλεια ενέργειας: Καθώς η ενέργεια περνά στην τροφική αλυσίδα, μέρος της χάνεται ως θερμότητα. Αυτό σημαίνει ότι υπάρχει λιγότερη διαθέσιμη ενέργεια για οργανισμούς σε υψηλότερα τροφικά επίπεδα. Ως αποτέλεσμα, υπάρχουν λιγότεροι οργανισμοί σε κάθε διαδοχικό τροφικό επίπεδο και η τροφική αλυσίδα γίνεται μικρότερη.
2. Διαγωνισμός: Οι οργανισμοί σε κάθε τροφικό επίπεδο ανταγωνίζονται μεταξύ τους για πόρους όπως η τροφή και το διάστημα. Αυτός ο ανταγωνισμός μπορεί να περιορίσει τον αριθμό των οργανισμών που μπορούν να επιβιώσουν σε κάθε τροφικό επίπεδο και μπορεί επίσης να οδηγήσει στην εξαφάνιση ορισμένων ειδών.
3. Θηρευτής: Οι οργανισμοί σε υψηλότερα τροφικά επίπεδα συχνά θηρεύονται από οργανισμούς σε χαμηλότερα τροφικά επίπεδα. Αυτό μπορεί να περιορίσει τον αριθμό των οργανισμών που μπορούν να φτάσουν σε υψηλότερα τροφικά επίπεδα και μπορεί επίσης να οδηγήσει στην εξαφάνιση ορισμένων ειδών.
4. Περιβαλλοντικοί παράγοντες: Περιβαλλοντικοί παράγοντες όπως η κλιματική αλλαγή, η ρύπανση και η καταστροφή των οικοτόπων μπορούν όλοι να επηρεάσουν το μήκος των τροφικών αλυσίδων. Αυτοί οι παράγοντες μπορούν να διαταράξουν τη ροή της ενέργειας και των θρεπτικών ουσιών μέσω των τροφικών αλυσίδων και μπορεί να οδηγήσουν στην εξαφάνιση ορισμένων ειδών.
Ως αποτέλεσμα αυτών των παραγόντων, οι τροφικές αλυσίδες είναι συνήθως μικρές, με λίγα μόνο τροφικά επίπεδα. Αυτό σημαίνει ότι υπάρχουν σχετικά λίγοι οργανισμοί στην κορυφή της τροφικής αλυσίδας και ότι αυτοί οι οργανισμοί είναι συχνά ευάλωτοι στην εξαφάνιση.