Ενώ τα καστανά μάτια είναι το πιο κοινό χρώμα των ματιών για τους γερμανούς βοσκούς, μπορούν επίσης να έχουν:
* Amber Eyes: Ένα ζεστό, κοκκινωπό-καφέ χρώμα.
* Μπλε μάτια: Λιγότερο κοινό, αλλά δυνατό.
* ετεροχρωμία: Έχοντας δύο διαφορετικά έγχρωμες μάτια. Αυτό είναι σπάνιο, αλλά μπορεί να συμβεί σε γερμανικούς βοσκούς.
Το χρώμα ενός γερμανικού ποιμενικού ματιών καθορίζεται από την ποσότητα της μελανίνης που υπάρχει στην ίριδα. Όσο περισσότερο μελανίνη, τόσο πιο σκούρα τα μάτια.