- Το όνομα του πλοίου μπορεί να προέρχεται από την παρωχημένη παλιά αγγλική λέξη "Beagle", που σημαίνει ένα μικρό πλοίο ή ένα σκάφος του πλοίου. Αυτή η λέξη χρησιμοποιήθηκε ήδη από τον 14ο αιώνα για να αναφερθεί σε ένα μικρό, ελαφρώς ένοπλο πλοίο που χρησιμοποιήθηκε για αναγνώριση και μεταφορά προμηθειών.
- Μια άλλη πιθανή εξήγηση είναι ότι το όνομα ήταν εμπνευσμένο από το κανάλι Beagle, μια στενή πλωτή οδό που βρίσκεται μεταξύ της Χιλής και της Αργεντινής. Το κανάλι ονομάστηκε από Βρετανούς εξερευνητές στα τέλη του 18ου αιώνα και είναι πιθανό ότι το όνομα του HMS Beagle επιλέχθηκε σε σχέση με αυτό το γεωγραφικό χαρακτηριστικό.
- Μερικοί ιστορικοί υποδεικνύουν επίσης ότι το όνομα του HMS Beagle μπορεί να έχει επηρεαστεί από το Beagle Harbor στην Αυστραλία. Το λιμάνι βρίσκεται στο βόρειο έδαφος και ονομάστηκε από τους Βρετανούς εξερευνητές το 1838, λίγο πριν από την έναρξη του HMS Beagle ξεκινήσει το διάσημο ταξίδι του.