1. Μειωμένη γενετική ποικιλότητα: Η επιλεκτική αναπαραγωγή μπορεί να οδηγήσει σε μείωση της γενετικής ποικιλότητας εντός ενός πληθυσμού. Ο περιορισμός της δεξαμενής ζευγαρώματος επιλέγοντας μόνο ορισμένα άτομα μπορεί να μειώσει τη μεταβλητότητα των γονιδίων στον πληθυσμό, γεγονός που μπορεί να τον κάνει πιο ευαίσθητο σε ασθένειες, περιβαλλοντικές αλλαγές ή άλλες προκλήσεις.
2. Αγαμία και προβλήματα υγείας: Τα στενά συνδεδεμένα άτομα μπορεί να έχουν αυξημένο κίνδυνο να αναπτύξουν γενετικές διαταραχές και προβλήματα υγείας λόγω ενδογαμίας. Η ενδογαμία μπορεί να προκύψει από εκλεκτική αναπαραγωγή, όπου άτομα με επιθυμητά χαρακτηριστικά ζευγαρώνουν επανειλημμένα μεταξύ τους.
3. Απώλεια άλλων χαρακτηριστικών: Η εστίαση στην επιλογή συγκεκριμένων χαρακτηριστικών μπορεί να οδηγήσει στην απώλεια άλλων πολύτιμων χαρακτηριστικών στον πληθυσμό. Για παράδειγμα, ενώ γίνεται επιλεκτική αναπαραγωγή για αυξημένη παραγωγή γάλακτος στις αγελάδες, άλλα χαρακτηριστικά όπως η αντοχή σε ασθένειες ή η ποιότητα του κρέατος μπορεί να παραβλεφθούν και ενδεχομένως να μειωθούν.
4. Ηθικές ανησυχίες: Η επιλεκτική εκτροφή εγείρει ηθικούς προβληματισμούς, ειδικά σε περιπτώσεις όπου εμπλέκονται ζώα. Οι επικριτές υποστηρίζουν ότι μπορεί να περιλαμβάνει πρακτικές όπως η θανάτωση, η τεχνητή γονιμοποίηση και οι γενετικές τροποποιήσεις που θα μπορούσαν να θέσουν σε κίνδυνο την ευημερία και την ευημερία των ζώων.
5. Περιορισμένη προσαρμογή: Η επιλεκτική αναπαραγωγή μπορεί να οδηγήσει σε ζώα ή φυτά που είναι κατάλληλα για συγκεκριμένα περιβάλλοντα ή σκοπούς, αλλά μπορεί να μην έχουν την προσαρμοστικότητα για να ευδοκιμήσουν σε μεταβαλλόμενες συνθήκες ή διαφορετικά περιβάλλοντα.
6. Απώλεια Παραδοσιακής Γνώσης και Βιοποικιλότητας: Στην περίπτωση της παραδοσιακής γεωργίας ή των αυτόχθονων πρακτικών, οι προσπάθειες επιλεκτικής εκτροφής από βιομηχανίες μεγάλης κλίμακας μπορεί να υπονομεύσουν την τοπική γνώση, τις διαφορετικές ποικιλίες καλλιεργειών και τη διατήρηση των παραδοσιακών φυλών και οικοσυστημάτων.
7. Οικονομικό κόστος: Η επιλεκτική εκτροφή συχνά περιλαμβάνει σημαντικές επενδύσεις, όπως υποδομές, τεχνολογία, ειδικευμένους επαγγελματίες και προγράμματα αναπαραγωγής, τα οποία μπορεί να είναι ακριβά και απαιτούν πόρους.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι το συγκεκριμένο κόστος και τα μειονεκτήματα της επιλεκτικής εκτροφής μπορεί να ποικίλλουν ανάλογα με τους οργανισμούς που εκτρέφονται, το εύρος των προσπαθειών αναπαραγωγής και το επίπεδο των δεοντολογικών εκτιμήσεων και της επιστημονικής τεχνογνωσίας που χρησιμοποιείται.